La șase luni de la evenimentele descrise în Matrix, Neo s-a dovedit a fi de bun augur pentru oamenii liberi, deoarece tot mai mulți oameni sunt eliberați din matrice și aduși în Zion, singura fortăreață a Rezistenței. Neo însuși și-a descoperit superputerile, inclusiv superviteza, abilitatea de a vedea codurile lucrurilor din interiorul matricei și un anumit grad de pre-cogniție. Dar o veste neplăcută lovește rezistența umană: 250.000 de santinele ale mașinilor sapă spre Zion și ar urma să ajungă la ei în 72 de ore. În timp ce Zionul se pregătește pentru războiul suprem, Neo, Morpheus și Trinity sunt sfătuiți de Oracol să îl găsească pe Creatorul de chei care i-ar ajuta să ajungă la Sursă. Între timp, visele recurente ale lui Neo care descriu moartea lui Trinity îl îngrijorează și, ca și cum nu ar fi fost de ajuns, agentul Smith a scăpat cumva de ștergere, a devenit mai puternic decât înainte și l-a fixat pe Neo ca următoarea sa țintă.